Nástin ekumenické teologie : informace a úvahy s ohledem na českou ekumenickou situaci /
Podvečerní děkování : vzpomínky, texty a rozhovory /
Spoločné vyhlásenie k učeniu o ospravedlnení : spoločné oficiálne stanovisko : dodatok k Spoločnému oficiálnemu stanovisku /
Hledání duše zítřka /
Krédo : apoštolské vyznání víry dnes? /
V co věřím /
Via media : studie z českých náboženských a intelektuálních dějin /
Poetika českého dějepisectví /
Kalich jako symbol v prvním století utrakvismu /
Církevní politika 1949. : Dokumenty a komentáře. /
O historismu a dějepisectví /
Liturgika 3. : Liturgia posvätenia času. /
Vybrané kapitoly z cirkevných dejín : vzťah Cirkvi a komunistickej moci v Československu v rokoch 1948-1989 /
Studia Historica Tyrnaviensia : spoločenskovedný zborník Katedry histórie Filozofickej fakulty Trnavskej univerzity v Trnave. V. /
Přehledné dějiny českého a slovenského dějepisectví. : Od počátků národní kultury až do sklonku třicátých let 20. století. /
Liturgika : princípy a teológia liturgie /
Církevní dějiny. Novověk /
Církevní dějiny jako koncept /
Pluralita myslenia v tradícii kresťanského staroveku a stredoveku /
Pohľady do stredovekých dejín Slovenska : (Res intrincesus lectae) /
Ekumenické církevní dějepisectví : dějiny, analýzy, perspektivy /
Katolická církev v Československu 1945-1989 /
Lenin : kontinuita a/nebo diskontinuita ruských dějin? /
Mezi tradicí a reformou : rozhovory o moravském katolicismu ve 20. století /
Nostalgie v dějinách /
Dawkins pod mikroskopem : diskuse nad knihou Richarda Dawkinse Boží blud /
Idea univerzity z české perspektivy : rozhovory s Jiřím Hanušem = The idea of a university from a Czech perspective : conversations with Jiří Hanuš /
Křesťané a socialismus. : čítanka textů: 1945-1989. Díl 1. /
Křesťané a socialismus : čítanka textů : 1945-1989. Díl 2. /
Řecké mýty Díl 2 /
Primasové katolické církve : země střední Evropy v čase komunismu /
Křesťanství a romantismus /
Český antiklerikalismus : zdroje, témata a podoba českého antiklerikalismu v letech 1848-1938 /
Rusko a západ : eseje o (ne)porozumění /
Historik v proměnách doby a prostředí 20. století /
Řecké mýty. 1. sv./
Tradice českého katolicismu ve 20. století /
Sekularizace českých zemí v letech 1848-1914 /
Náboženství v globální občanské společnosti /
Interpretace ruské revoluce 1917 /